Der Name des Ortes rührt nicht etwa daher, dass hier immer Nebel ist. Er geht laut einer Urkunde von 1296 zurück auf den Grafen Eppo, dem Gründer von Nebelberg.
Durch das heutige Gemeindegebiet von Nebelberg führte schon in früher Zeit ein Handelsweg von der Donau zur Moldau (Funde aus der Steinzeit). Die Rodung und Besiedelung erfolgte durch die hochfreien Falkensteiner im 13. und 14. Jh. Nach 1300 kam das Gebiet an das passauische Landgericht Velden (=Neufelden).
1296 wird Nebelberg erstmals urkundlich erwähnt.
1595-97, beim Bauernaufstand wurden hier Soldaten des Landrichters erschlagen.
Im Erbfolgekrieg 1701-04 entstanden an der Grenze Schanzen. An die Franzosendurchzüge erinnert die Donabauerkapelle.
In der Naturlandschaft in Nebelberg begegnet man den so typischen Streifenfluren und Streusiedlungen. Der Haptstecken (im Gemeindewappen) wird auch heute noch zu bestimmten Anlässen zur Nachrichtenübermittlung genutzt. An dem birnenförmigen, gedrechselten Knauf des Stabes wird ein einfacher Zettel mit einem Reißnagel befestigt. Diese kuriose Post läuft nun von Haus zu Haus, indem der Empfänger gleichzeitig zum Beförderer wird. Jeweils für ein Jahr bleibt der Haptstecken in einem Haus in Verwahrung.